Logo Papua Democratic Institute (PD-Institute) menggambarkan empat figur manusia yang tersusun dalam bentuk lingkaran dengan ragam warna yang berbeda. Bentuk ini melambangkan kekuatan kolektif, pluralisme, dan semangat demokrasi yang hidup dalam masyarakat Indonesia, dan secara khusus di Tanah Papua yang kaya akan keragaman budaya, suku, bahasa, serta sistem pengetahuan lokal.

Figur manusia yang saling menghadap dan terhubung mencerminkan nilai kesetaraan, saling menghargai, dan pengakuan terhadap sesama sebagai fondasi kehidupan demokratis. Dalam ruang lingkaran yang egaliter ini, setiap individu dan kelompok dipandang memiliki martabat yang setara, serta memiliki hak untuk didengar, berpartisipasi, dan berkontribusi dalam proses pengambilan keputusan yang mempengaruhi kehidupan bersama.

Ragam warna dalam logo merepresentasikan keberagaman identitas, pengalaman, dan perspektif pengetahuan yang hidup di masyarakat. Warna-warna tersebut juga memiliki makna simbolik yang mencerminkan nilai dan orientasi kerja PD-Institute, adalah sebagai berikut :

a.   Warna merah melambangkan semangat, keberanian, dan penuh energi untuk memperjuangkan keadilan sosial, demokrasi, serta perlindungan hak-hak masyarakat. Warna ini menggambarkan tekad untuk menghadirkan perubahan sosial yang berpihak kepada Masyarakat.

b.   Warna biru melambangkan pengetahuan, refleksi, dan kedalaman berpikir, yang menjadi fondasi utama dalam kerja riset dan pengembangan kebijakan. Biru juga mencerminkan semangat keterbukaan dan dialog dalam membangun pemahaman bersama.

c.    Warna coklat melambangkan keterhubungan dengan tanah, alam, dan kehidupan masyarakat adat. Warna ini merepresentasikan akar budaya, nilai-nilai lokal, serta relasi spiritual dan ekologis masyarakat Papua dengan tanah, hutan, dan laut sebagai ruang hidup mereka.

d.   Warna hitam melambangkan keteguhan, kekuatan, dan ketahanan, yang mencerminkan daya tahan masyarakat dalam menghadapi berbagai tantangan sosial, politik, dan ekologis. Warna ini juga merepresentasikan kedalaman identitas dan martabat masyarakat Papua.

Secara filosofis, logo ini mencerminkan komitmen PD-Institute dalam mendorong kedaulatan atas pengetahuan (knowledge sovereignty), yaitu pengakuan bahwa masyarakat memiliki hak untuk memproduksi, mengelola, dan menggunakan pengetahuan mereka sendiri sesuai dengan nilai, pengalaman, dan kebutuhan hidup mereka. Dalam kerangka ini, PD-Institute berperan sebagai ruang pertemuan pengetahuan (knowledge hub) yang mempertemukan masyarakat adat, komunitas lokal, akademisi, organisasi masyarakat sipil, dan pemerintah untuk berbagi pengalaman, membangun dialog, serta menghasilkan pengetahuan yang relevan bagi transformasi sosial dan ekologis di Papua.